En el año 1939, la Ley General de Terrenos Baldíos declaraba a las tierras habitadas por indígenas como inalienables. En el año 1956, un decreto demarca los primeros territorios indígenas, que en aquel momento se denominaban “reservas indígenas”, de Boruca-Térraba, Ujarrás-Salitre-Cabagra, China Kichá.

Hasta el momento, Costa Rica ha reconocido 24 territorios indígenas a través de Decretos Ejecutivos con rango de ley.

A partir del año 1977, la ley n.° 6172, estableció un marco más completo al tema. Aprobada esta ley, los no indígenas que ingresaran para vivir en los territorios titulados como reservas tendrían que ser reubicados o expropiados, en virtud de su calidad de meros ocupantes. Pero no se reubicó ni se desalojó a los no indígenas, ni tampoco se expropiaron o anularon las invasiones de sus territorios. Según los datos oficiales, la totalidad de los territorios indígenas es de 334,447 hectáreas, de las cuales el 38% se encuentra en manos de no indígenas, a pesar de que existen algunos programas por parte del Instituto de Desarrollo Agrario (IDA) para la compra y restitución de tierras a los pueblos indígenas.

Una medida legislativa que ha tenido un significativo impacto en los territorios indígenas fue la creación de las Asociaciones de Desarrollo Integral (ADI), que suplantaron el reconocimiento de la autoridad de las instituciones tradicionales de los pueblos por un modelo occidental de organización comunal basado en la conformación de juntas directivas que ostentan la representación judicial y extrajudicial de los territorios.

Desde 2016, el Estado costarricense ha iniciado un proceso para dar cumplimiento con lo mandatado por la ley de 1977, regularizar la posesión de la tierra en los territorios indígenas y recuperar los terrenos que se encuentren en posesión u ocupación de personas no indígenas.

- Constitución

La protección constitucional a la territorialidad indígena se sustenta en un marco conceptual evolutivo sobre la identidad cultural, la dignidad, la libertad y la igualdad ante la ley, como elementos inherentes a todas las personas.

En este sentido, la Sala Constitucional de la Corte Suprema de Justicia señaló en 2002:
La Constitución Política, si bien no contiene un estatuto específico respecto de los derechos de las comunidades autóctonas, de su sistema (en especial de las normas contenidas en los artículos 28, 33, 50 y 74) es posible colegir un principio de reconocimiento de tales prerrogativas, basado en la idea de respeto y protección estatales, como deberes ante las comunidades indígenas, velando por la preservación de su cultura y al mismo tiempo el acceso de sus integrantes a los frutos que el desarrollo nacional produce. Lo anterior es reafirmado por el numeral 76 constitucional, que expresamente impone al Estado el deber de mantenimiento y cultivo de las lenguas indígenas. Así, puede la Sala partir como premisa del reconocimiento constitucional hecho a favor de la identidad cultural y protección de los Pueblos Indígenas que habitan el país.

La Sala Constitucional, en 2004, expresó: Entre los derechos que se ha reconocido a las comunidades Indígenas está el de que, a fin de que defiendan el entorno natural de sus tierras, se les consulte en los procedimientos relativos a ellas o que de alguna forma puedan afectar su derecho a desenvolverse con garantía de su calidad de vida, pues de lo contrario se quebranta el debido proceso respecto de los derechos  fundamentales de los pueblos indígenas interesados (artículo 13 del citado Tratado y 50 de la Constitución Política) (...)” (Sentencia n.° 2000-08019, de las 10.18 horas del 18 de setiembre de 2000). En ese orden de ideas, cualquier aprovechamiento de recursos naturales en Reservas Indígenas debe contar con el consentimiento de los pueblos indígenas, y debe informárseles sobre cualquier solicitud de aprovechamiento, aun cuando se trate de recursos naturales en propiedad privada.

Resolución 2004-09931 de la Sala Constitucional de la Corte Suprema de Justicia, San José, 3 de septiembre de 2004.

- Legislación

Ley n.° 6172, Ley Indígena de 1977 que reconoce los territorios indígenas declarados “reservas” en los decretos anteriores como inalienables, imprescriptibles, no transferibles y exclusivos de las comunidades indígenas.

Decreto n.° 8489 de 1978, Reglamento de la Ley Indígena; introduce las Asociaciones de Desarrollo Integral Indígena en sustitución de las estructuras tradicionales.